האקדמיה הצעירה הישראלית פועלת להשגת תשעת היעדים הבאים:
- פיתוח הקשר בין המערכת האקדמית הישראלית לבין קובעי המדיניות וקידום מדיניות מבוססת מדע
- פיתוח הקשר בין המערכת האקדמית הישראלית לבין החברה הישראלית
- קידום חוקרים צעירים באקדמיה הישראלית
- קידום מגוון אנושי וייצוג מאוזן של קבוצות אוכלוסייה באקדמיה הישראלית
- קידום מגוון תחומי באקדמיה הישראלית
- קידום קשר בין-תחומי באקדמיה הישראלית
- טיפוח קשרים בין-לאומיים בדגש על אקדמיות צעירות אחרות בעולם
- קידום כל יעד ומטרה אחרים שהם מעניינם של חוקרים צעירים
- קידום מצוינות מחקרית באקדמיה הישראלית