הוועד המנהל אחראי על מדיניות האקדמיה הצעירה ומקביל בתפקידו למועצת האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים.
חברי הוועד המנהל של האקדמיה הצעירה הישראלית לשנת 2026-2025:
ספטמבר 2025- ינואר 2026
פברואר 2026- אוגוסט 2026
הוועד המנהל של האקדמיה הצעירה הישראלית, פברואר 2026- אוגוסט 2026, מימין: ד"ר עדי אשכנזי, פרופ' אסף שוורץ, פרופ' יצחק ברקוביץ ופרופ' ג'ניפר אושר