אירועי 7 באוקטובר ומלחמת "חרבות ברזל" השפיעו דרמטית על מערכת ההשכלה הגבוהה ועל כיווני פעילותה של האקדמיה הצעירה.
סטודנטים וחברי סגל גויסו למילואים, רבים אחרים הצטרפו לפעילויות במערך ההתנדבותי האזרחי, סטודנטים זרים עזבו את הארץ, שנת הלימודים האקדמית לא נפתחה במועדה, קיום קשרים בין-לאומיים (נסיעות לכינוסים או שיתופי פעולה) נהיה מורכב מתמיד, ובתחומים מסוימים אף הושפע מהלכי רוח אנטי-ישראליים. בשל כל אלה השתתפו חברי הוועד המנהל של האקדמיה הצעירה בכמה ועדות בכנסת שעסקו באתגרי ההשכלה הגבוהה בתקופת המלחמה. כמו כן האקדמיה הצעירה החליטה להוציא לפועל כמה יוזמות הקשורות למלחמה.
האקדמיה הצעירה אספה גם הצעות להתמודדות עם הפגנות/הפרעות/תגובות אנטי-ישראליות ועם אפליה של חוקרים המסונפים למוסדות ישראליים להשכלה גבוהה בנסיעות אקדמיות לחו״ל. בנוסף, האקדמיה הצעירה הכינה מסמך המלצות לקידום בין-לאומיות במוסדות אקדמיים.